Ostatnie lata XIX w. miały dla historii kościoła św. Jakuba istotne znaczenie. W 1887 r. uroczyście obchodzono 700-lecie świątyni, uczczone specjalnym wydawnictwem Hugo Lemckego, W tym też czasie rodzi się projekt przykrycia wieży strzelistym hełmem, Niemal fanatykiem tego projektu był - bogaty szczeciński kupiec - hurtownik Karol Gerber. Ponad potrzeby konserwacji kościoła przedkładał wzniesienie owej dekoracji wieży. Szkielet hełmu był już gotowy w 1893 r., zwlekano jedynie z jego przy­kryciem z powodu mrozów. Na początku 1894 r. konstrukcja ta została zerwana przez huragan, zrzucona na dach kościoła, nisz­cząc go i uszkadzając sklepienia w kaplicy północnej /Mariackiej/.

Niestrudzony fundator po raz drugi wyasygnował znaczne sumy pieniędzy, tak, że w 1895 r. hełm był ostatecznie gotowy. Jednocześnie zniszczenia spowodowane przez huragan przyspie­szyły planowany już od 1887 remont kościoła. Początkowo doty­czył on głównie strony zewnętrznej, w 1898 r. prace przenoszą się do wewnątrz. Likwiduje się w tym czasie niektóre kapli­ce grobowe w nawie północnej /kaplicę zachodnią i kryptę Simo­nów/, przygotowując pomieszczenia dla biblioteki kościelnej. Zamurowane trzy wschodnie okna prezbiterium przebito i wykonano nowe podziały. Z kaplicy Mariackiej, służącej dotychczas jako magazyn i skład opału - usunięto rozmaite rupiecie, napra­wiono sklepienie i wykonano neogotycki wystrój /ołtarz, ambona, 1 chrzcielnica, lichtarze, polichromie ścian.

W r. 1900 kościół został zelektryfikowany oraz podłączony do centralnego ogrzewania /kotłownia mieściła się w domu parafial­nym/. Do konserwacji wystroju przystąpiono w 1900 roku – jesienią. Przy zakładaniu instalacji, w czasie skuwania tynków, odkryto fragmenty polichromii gotyckich i barokowych /głównie w obejściu południowym/. W związku z tym opracowano projekt polichromii całego wnętrza, nawiązujący kolorem i formą do odkrytych, dość licznych fragmentów. Powstały więc dekoracje pach sklepie­nia i filarów /malarze Seliger i Fey/, natomiast zachowaną nad organami polichromię barokową poddano konserwacji. Nasilenie prac konserwatorskich we wnętrzu przypada na 1901 r. W partii zachodniej kościoła pogłębiono emporę, zamontowano no­we dźwigary, na których wspierała się konstrukcja organów. Przy samych organach prowadzono prace w r. 1902, Obejmowały one powiększenie instrumentu o kilka regestrów oraz uzupełnienie i odświeżenie zniszczonej nieco snycerskiej obudowy /rzeźbiarz Ehlert/ Do empory muzycznej dobudowano no­we, okazałe schody. Nie jest jasne, czy całość ozdobnej balus­trady owych schodów wykonano na nowo. Relacje mówią o "wykona­niu nowych, barokowych schodów" Możliwe, że użyto autentyczne fragmenty jakichś starych schodów, które uzupełniono i ozdobio­no grupą zupełnie nowych rzeźb: Panny Mądre i Głupie, Dawid, anioł. Projekt owych schodów wykonał architekt Blau, rzeźby - Axel Ehlert a polichromie - malarz Seliger ze Szczecina, Funda­torem całości był Karol Muetzel. W 1901 r. odnowiono prawdopodobnie również ołtarz, zdejmując przy okazji element dekora­cyjny w formie kotary, który stanowił tło dla ołtarza i zamy­kał prezbiterium. Po zdjęciu owej drewnianej "kotary" i wy­biciu zamurowanych okien uzyskano znaczne rozjaśnienie partii wschodniej kościoła. Na ten sam rok przypada również renowacja stall, empor, kaplicy chrzcielnej i ambony /dorobiono uszkodzo­ne partie snycerki i putta/• Wykonał to wspomniany już Axel Ehlert, który był autorem również nowych uszaków /na miejsce zniszczonych/ w epitafium Ritowa. Renowacji poddano również wszystkie nagrobki. Filary nawy głównej zostały obudowane nowymi ławami i ich zapleckami na wzór XVII-wiecznych ław kupców rybnych /pozostałości starych, XVIII-wiecznych ław wyrzucono.

Wszystkie działania konserwatorskie były finansowane przez możne rody przemysłowców i kupców szczecińskich. Każdy odna­wiany obiekt otrzymywał tabliczkę z odpowiednim napisem i naz­wiskiem łożącego na konserwację. Świeczniki korpusowe, również te sprzed pożaru w 1677 zostały dostosowane do oświetlenia elektrycznego przez znaną firmę szczecińskich ludwisarzy Voss i Syn.

Zupełnie nową fundacją, która w wysokim stopniu miała ożywić i ubarwić wnętrze było zamówienie witraży /a raczej malo­wideł na szkle/ do okien prezbiterium i nawy południowej przez wzmiankowanego już dobrodzieja kościoła - Karola Gerbera. Były to 22 sceny wypełniające górne okna /7 przedstawień z cyklu "Módl się i pracuj" i dalszych 7 o nawie "Prośby i dzięk­czynienia", w oknie środkowym prezbiterium - "Ostatnia Wiecze­rza", 4 sceny obrazujące "4 Błogosławieństwa" i dalsze trzy z wyobrażeniami "Wiary", "Nadziei" i "Miłości”. Oprócz wymienio­nych również sumptem Gerbara wykonano malowidła o tematyce: "Kazanie na górze" i "Jezus wśród dzieci" /umieszczono wg opisu naprzeciw ambony/ oraz z cyklu historycznego "Barnim I wręcza akt nadania praw miejskich w 1243 r." i "Kurfirst w obozie polnym na Pomorzanach w r. 1677” kiedy to przyjmuje delegację mieszczan szczecińskich /okna dolne w kaplicy Rady. W dolnych oknach naw pozostały jeszcze inne sceny z histo­rii Szczecina jak: "Chrzest Szczecina w 1124", "Gustaw Adolf w Szczecinie w 1630", "Wzniesienie hełmu wieży kościoła św.Jakuba u w 1.1893-95, które być może również były fundacjami wspomnianego Gerbera. Do czasu poświęcenia kościoła w 1902 r. zdołano zamontować 26 barwnych okien. W dalszych latach sukcesywnie do­dawano następne malowane na szkle sceny. I tak z fundacji cesa­rza: "Jezus i Samarytanka”, "Maria i Marta* z Betanii" oraz "Miłosierny Samarytanin”. Sumptem rodziny Schultzów /rodem z Hamburga/ powstało okno ze sceną "Syn Marnotrawny" zawierające portrety fundatorów. "Modlitwę w Ogrójcu" ufundowała Zuzanna Gebel, a okno z przedstawieniem "Chrystusa w Emaus" - A.B. Malirt w 1904 r. Zaplanowano ogółem około 50 "witraży" w gór­nych i dolnych oknach, ale jak się zdaje - niewiele ponad 30 wykonano. Wszystkie projektował i wykonał prof. Linnemann z Frankfurtu nad Menem.

W 1904 wmurowano pod wieżą płytę kommemoracyjną Barnima III z 1543 r. fundacji Barnima XI. Została ona przeniesiona z roze­branego klasztoru cysterek. Od tego czasu do 1934 r. brak większych zmian w wystroju kościoła. W tym roku zostaje przeniesiona biblioteka, a na jej dawnym miejscu - w kaplicy zachodniej północnej nawy utworzono salkę do nauk przed konfirmacyjnych.

W 1934-35 zmieniono wy­strój kaplicy Mariackiej dostosowując ją do potrzeb katechezy i kancelarii. W tym samym czasie dawną kaplicę Loitzów, a więc wschodnią - za ołtarzem — poświęcono poległym /w czasie I wojny światowej/ parafianom św. Jakuba, okna kaplicy otrzymały również malowane szyby z przedstawieniami zatytułowanymi: "Czas wojny" i "Po wojnie". Wykonał je Erhardt Klonk z Marburga. Były to już ostatnie przedwojenne fundacje, o jakich wiemy.