W czasie oblężenia Szweckiego, Szczecin, przez elektora brandenburskiego Fryderyka Wilhelma - w roku 1677, w sierpniu, 2 pociski zapaliły hełm wieży. Płonący hełm runął na dach koś­cioła niszcząc go. Zapadło się również sklepienie a w całym wnętrzu wybuchł gwałtowny pożar, który zniszczył wszystko.

Według świadectw ówczesnych wypaliło się całe wyposażenie aż do krypt. Pozostały jedynie mury obwodowe i filary a z daw­nego wyposażenia w samym kościele - płyty nagrobne. Zdołano uratować z pożaru jedynie kilka elementów dawnego wystroju - jak o tym świadczą dane źródłowe. W tym okresie gmina prze­żywała bardzo ciężkie chwile. Nie tylko straciła kościół, lecz również dwóch duchownych, wśród nich niezwykle oddanego sprawom kościoła pastora Ludwika Jacobiego, fundatora znacznego legatu na rzecz biblioteki przy św.Jakubie. Pozbawiony szwedzkiej pomocy i zniszczony Szczecin musiał poddać się Fryderykowi Wil­helmowi. Wkroczył on do miasta w grudniu tegoż roku. Chcąc na­prawić szkody wyrządzone kościołowi, Fryderyk Wilhelm ogłosił kolektę we wszystkich miastach Marchii, Saksonii, Brunszwiku, Hannoweru, Holsztynu i Meklemburgii. Dała ona śmiesznie ma­łą w stosunku do potrzeb, sumę 600 tal. Nieco lepsze wyniki dała kwesta na dworach książęcych - 7402 Tal.

Największe ofiary ponieśli szczecińscy mieszczanie, którzy po­mimo wielkich zniszczeń całego miasta hojnie łożyli właśnie na odbudowę kościoła. Wkrótce po ustaniu działań wojennych przystąpiono do odgruzowywania i oczyszczania wnętrza. Wyporządzono najpierw jedną niszę kapliczną w obejściu północnym, w której później, ku pamięci tych trudnych dni, zawieszono tablicę z odpowiednią inskrypcją. Przypuszczać można, że tam Właśnie odprawiono pierwszą mszę w Wielki Piątek 1679 z— jeszcze przed ponownym wkroczeniem Szwedów do Szczecina /pokój w St.Germain/. Wyposażenie owej kaplicy było zapewne bardzo skromne. Składało się prawdopodobnie z ocalałej z pożaru ambony, być może starego, gotyckiego ołtarza /sprzedanego w 1748 r./ i przechowywanych /zapewne przez duchow­nych/ naczyń liturgicznych. Znamienne jest, że pierwszą fundacją jaką uczyniono do kościoła był zakup organów, aby było można uświetnić nimi ową pierwszą mszę w 1679 r. Natomiast chyba darem słynnego ludwisarza szczecińskiego - Wawrzyńca Kockeritza był dzwon, wielkości dawnego Mszalnego, odlany również na uro­czystość inauguracji nabożeństw w 1679 r. W roku następnym /1680/, odlał on drugi dzwon tzw. Cymbałowy, a w 1682 - dzwon zw. Wielkim. Nie wiadomo, gdzie umieszczono te dzwony, zwła­szcza zaś potężny dzwon Wielki /zachowany do dziś/ - chyba na jakiejś, wzniesionej w tym celu, prowizorycznej dzwonnicy wolno­stojącej. W tym samym czasie zabezpieczono już chyba wnętrze kościoła nowym dachem, bowiem pojawiają się pierwsze fundacje czy­nione do wnętrza. I tak w 1683 r. Rada Miejska dała 43 tal. na wzniesienie emporki pod małe organy, umieszczonej nad kazalnicą, w pierwszej kaplicy po stronie północnej. Chór ten miał być bogato zdobiony. Być może chodzi o tą samą emporę, którą później wykończyli i zdobili swoim sumptem terminatorzy kupieccy w 1691r, /jak wynikałoby z opisu usytuowania ernpory/.

W tym samym roku /1683/ ufundowano stalle 24 rzemieślników/ w kaplicy nawy południowej. Wykonał je mistrz Pfenning. W tej samej nawie wzniesiono w 1684 r. stalle radnych a w roku zaś następnym - emporę kramarzy nad stallami rzemieślników, prawdopodobnie również stalle kupców rybnych i ławników/ z użyciem starych, gotyckich jeszcze fragmentów stall. Fundacje dokonywane były zatem do kaplic, natomiast w nawach aż do 1690 r. niczego, jak się zdaje nie ustawiano /ze względu na brak sklepień/. Natomiast powstają ozdobne drzwi do kościoła w roku 1688/ prowadzące do północnego obejścia/, które wykonuje zapewne twórca wszystkich wspomnianych stall - mistrz Chrystian Pfenning. Rok 1690 rozpoczyna okres wzmożonych prac w koś­ciele - zarówno jeśli chodzi o odbudowę jak i wyposażenie.

W tym bowiem czasie założono więźbę dachową na wieży, przykryto ją niskim dachem, zamontowano zegar z dwoma dzwonami wybijającymi godziny i kwadranse /odlał je Mangold/. W tym toż roku rozpoczęto odbudowę sklepienia. W roku następnym było już, jak się zdaje gotowe sklepienie w prezbiterium, gdyż pojawiają się

tam pierwsze fundacje. I tak aptekarz Rampusch funduje "Beichstuhle Herrn Provisoren” czyli konfesjonały, które stały do, 1945 r. w pobliżu ołtarza.

Rozpoczynają się prace przy emporze muzycznej przy wieży, a trwają przy emporze terminatorów kupieckich. W nawie postępuje zabezpieczanie filarów. Rok następny /1692/ przynosi zakończenie prac przy konfesjonałach, wzniesienie tzw, loży książęcej /zwanej też rządową/ oraz fundacje dal­szych okazałych drzwi: w wejściu do nawy północnej - fundacji R.Sperke , oraz do obejścia południowego - sumptem Chrystia­na Woke - z antabą w kształcie głowy lwa.

Rok 1692 jest niezwykle istotny w procesie odbudowy, gdyż zostaje ukończone nowe sklepienie, co umożliwiło przywrócenie wyposażenie w partii korpusu nawowego. Zakończenie prac przy sklepieniu upamiętniono tablicą kommemoracyjną w bogatej sny­cerskiej ramie, wykonanej prawdopodobnie przez Mateusza v.d. Lynde /Linde,Lynt/ zawieszonej w kaplicy.

Nie znamy, niestety, dokładnej daty powstania ambony, ale wydaje się wielce prawdopodobne, że jako najważniejszy w koście­le protestanckim sprzęt, została ustawiona przy pierwszym /pół­nocnym/ filarze prezbiterium zaraz po zakończeniu prac przy nowych sklepieniach. Mógł to być więc rok 1693. Powstają również w tym roku trzy nowe kaplice: chrzcielna - sumptem kupca Fryderyka Krafta, kaplica zachodnia w nawie północnej /być może prowizorów/ - zamknięta ozdobną kratą oraz starsza kaplica Winnemerów. Prawdopodobnie w 1694 r. dwa wejścia od strony zachodniej, pod wieżą, otrzymały bogato zdobione drzwi.

Z nich - drzwi północne /obecnie zachowane/ ufundował Jurgen Witcke, starszy cechu szewców oraz jego żona z domu Tesler. (Wejście południowe już przed wojną nie było zachowane w dawnej formie). Drzwi środkowe powstały nieco wcześniej, bo w 1692 r z fundacji osób o inicjałach RDGS ELWP.

W roku 1694 ukończono prace przy bogato zdobionej emporze muzycznej, przygotowanej pod nowe organy, której malowane przedpiersie zawierało inskrypcję: ”Zu des Hohsten Gottes Ehren und dieser in der Belagerung Anno 1677 ruinirten itzo aber reparirten Kirchen Zierde und Schumuck, hat Herr Johann Jadicke Burger und Kaufmann hierselbst, nebst zeiner Ehegenossin Frau Elisabeth Bratzer dieser chor mit aller Zubehor verfertigen lassen. Anno 1694 den 22 Juny.

Musiały chyba w tym czasie trwać starania o pozyskanie dobrego organmistrza. W 1695 r. próbował wykonać nowe organy, czy też przerabiał stare /zakupione w 1679 r./ mistrz Kahl z Myśliborza, ale nie dokończył dzieła, z powodu braku umiejętności dowodem długotrwałego braku dobrych organów były z jednej stro­ny trudności w pozyskaniu biegłego budowniczego z drugiej - usta­wiczny brak pieniędzy nękający administrację kościoła. Ostatecznie zwrócono się o radę do znanego organisty z kościoła NM Panny w Lubece - Dietricha Buxtehude, który polecił jako znakomitego budowniczego organów Arpa Schnitgera z Hamburga. Ponieważ jed­nak wskazany zamówienia nie przyjął, podpisano ostatecznie umo­wę z równie sławnym Mateuszem Schurichem z Radebergu k/Drezna /1695 r./. Snycerkę podjął się wykonać wspomniany już Ma­teusz v.d. Lynde /Linde/. Niestety w 1697 r. prace przy orga­nach przerwano z powodu śmierci Schuricha.

W r. 1695 obok prac przy organach postępują również inne - ku upiększeniu kościoła. I tak np. wykonano w tym czasie poli­chromowane drzwi w kaplicy za stallami ławników. Skromny zasób naczyń liturgicznych zwiększył się również w tym samym roku o konew srebrną do wina i puszkę na komunikanty fun­dacji rodziny Wulffów. W roku następnym, za prezbiterium wznoszony jest nagrobek rodziny von Langen. Po wielu zabiegach i pertraktacjach /początkowo bez powodzenia/ w r. 1698 udało się Radzie Miejskiej nakłonić Arpa Schnitgera do kontynuowania prac przy organach niedokończonych przez Schurdicha. W roku następ­nym organy ukończono i w styczniu 1700 r. uroczyście zainaugurowano ich użytkowanie. Wzrosła w tym czasie liczba sprzętów liturgicznych.

Inwentarz sporządzony w 1699 r« wymienia w kościele: 7 dzwo­nów /3 odlanych przez Kockeritza, 4 - przez Mangoldta połączone z zegarem/, dwa zegary wewnątrz kościoła, 7 kielichów srebrnych z patenami, 6 puszek srebrnych na komunikanty, dwa dzbany srebr­ne do wina i jedną srebrną łyżeczkę. Oprócz tego w kościele były liczne przybory do mszy :ornaty, komże, bielizna ołtarzowa, kapturki do gaszenia świec, kubki do zbierania ofiar, woreczki na trzonku - do tego samego celu, sztuczne kwiaty do dekoracji ołtarza, klepsydry, stojaczki do ksiąg, pulpity. Wymienia się również rozmaite meble jak. szafy na ubiory, taborety, stół. Wreszcie dokonano również spisu świeczników /tzw. Korony - 4 sztuki/ oraz lichtarzy /mosiężne i cynowe - 6 szt.

Do 1702 r. brak wzmianek o jakichś ważniejszych pracach w kościele. Natomiast w tym właśnie roku powstają w nawie połud­niowej cztery empory z przedpiersiami zdobionymi malowidłami /fundacje: Langego, Libbhera, Krafta, Lindemanna - osób znacz­nych, należących do patrycjatu miejskiego. W 1704 r. wyku­piono kryptę w obejściu południowym - do ostatniej wojny zacho­wał się tam skromny nagrobek bez żadnych ozdób.

W roku następnym miały miejsce dalsze fundacjo empor - tym razem w nawie północnej. Były to: tzw. empora Miłosiernego Samaryta­nina /fundacji aptekarza Johannesa Rampuscha, oraz empora ponad kaplicą grzebalną rodziny Simon /wówczas jeszcze bez nagrobka/. W 1707 kaplica Mariacka i wejście na emporę w obejściu północnym  - otrzymują nowe drzwi bogato polichromowane.

W 1709 r. pojawia się w aktach po raz pierwszy problem fundacji ołtarza głównego. Nie wiadomo jaki ołtarz pełnił do tego czasu ową funkcję, może był to wspomniany już ołtarz /sądząc z opisu chyba tryptyk/ sprzedany w 1748 r. Z kilku projektów nowego ołtarza, złożonych przez dwóch rzeźbiarzy - Erharda Lofflera /pochodzącego z Drezna, a osiad­łego w Szczecinie/ i Jerzego Mattarnovy /ze Schwedt/, po dość długich sporach między administracją kościoła a Radą Miejską, wybrano do realizacji jeden z projektów Lofflera.

Ołtarz w surowym stanie był gotowy w 1711 r. Prawdopodobnie w takim stanie do 1731 r., kiedy to rozpoczęto jego malowanie i złocenie. W roku 1711 oprócz nowego ołtarza kościół otrzymał inne jeszcze dzieło Lufflera - epitafium Meybauera, które wy­konano zostało jakoby według starszego projektu /nie wiadomo czy chodzi o stary projekt tegoż Lufflera, czy też innego artys­ty, którym się posłużono.

W 1714 r. prezbiterium otrzymuje nowe stalle fundacji Jurge­na Kubę. Prawdopodobnie również on wzniósł okazale drewniane portale z dekorowanymi intarsją drzwiami, prowadzące do prez­biterium /w pobliżu ołtarza/ z ambitu po stronie północnej i południowej. W latach następnych kościół przeżywa okres dość trudny.Wiąże się to z działaniami wojennymi. Szczególnie ciężki był chyba rok 1717, kiedy to sprzedaje się z kościoła wyroby z cyny, żelaza, miedzi i ołowiu aby zapłacie pensje duchownych. Również wtedy sprzedano starą ambonę do kościoła w Krzekowie. Naczynia kościelne były w tym czasie już silnie zniszczone, a brak gotówki uniemożliwiał nabycie nowych.

W tymże roku poddano renowacji dzban do wina /powtórnie go zło­cono/, na co zużyto dukat specjalnie na ten cel darowany. W następnym roku ufundowano do kościoła obraz przedstawiający wojsko niebieskie - w aktach określony jako "Himmelsbild. Na tym zamyka się lista fundacji na okres ponad 10 lat, bo nas­tępne dokonano dopiero w 1731 r. Tak więc przystąpiono do wspom­nianego polichromowania i błocenia ołtarza. Pieniądze na ten cel zdobyto m.in. znowu sprzedając w 1730r. stare wyroby z miedzi.

W 1734 zakończono prace przy ołtarzu, natomiast w obejściu pół­nocnym został wzniesiony okazały nagrobek rodziny von Meyera. W 1736 r. również w tej części kościoła powstaje nowy grobowiec Winnemerów. W tym samym roku wyszło zarządze­nie króla pruskiego zmuszające do wyprzedaży wszelkich katolic­kich szat liturgicznych, bielizny ołtarzowej, naczyń liturgicznych, świeczników, z czego dochód miał być przeznaczony na fundusz wdów i sierot. Duchowieństwo i rada kościelna Jakub sprzeciwiała się temu pisząc liczne odwołania. Nie dały one jednak rezultatu, a kościołowi grożono przymusową egzekucją. Ostatecznie sprzedano pewną ilość szat kościelnych, bielizny ołtarzowej i trzy świeczniki . Wkrótce zmarł Fryderyk Wil­helm I i zarządzenie to odwołano, jednak nie udało się już odzyskać sprzedanych przedmiotów. Około r. 1740 rozpoczęto więc fundowanie nowych szat i świeczników. Lutlmann zaznacza, że ludność z wielką hojnością łożyła na owo wyposażenie. Między in­nymi zakupiono purpurowo-fioletowy ornat z białymi lamówkami/i srebrną zapinką za sumę 51 Tal. Z tego okresu pochodził też okazały świecznik korpusowy, zawieszony przed ołtarzem, no­szący inskrypcję ”ME FECIT I.P.P. 1744”.

Nadal trwała w kościele akcja usuwania zbędnych, w ówczes­nym mniemaniu, elementów wyposażenia. I tak np. z kaplicy, w której mieściła się biblioteka /dawna kaplica chrzcielna/ oraz z jakiejś kaplicy kaznodziejów /może zachodniej w nawie północ­nej/ sprzedano w 1737 r. cynę i ołów pochodzące niewątpliwie z sarkofagów - konwisarzom Schoneichowi i Gottschalkowi oraz kotlarzowi Schone Jun. W 1747 myślano o sprzedaniu dwóch sarko­fagów cynowych z kaplicy mieszczącej bibliotekę. Były to sarko­fagi gen. Wullfena /obrońcy Szczecina w 1677 r./ i jogo żony z domu von Osten. W roku 1754 z kaplicy Hornów chciano sprze­dać sarkofag cynowy Matzmera z 1646, Homa /drewniany obity mie­dzią/ i podobny - jego żony. W tymże roku sarkofagi Wulffenów stały jeszcze w kaplicy, przy czym wykonana została próba przez złotnika Thuna i komisarza Winniga, w celu zbadania możliwości zdjęcia złota z ozdób sarkofagu i ewentualnego wykorzystania cyny . Obie wypadły negatywnie, tak iż stwierdzono, że sarko­fagi nadają się jedynie do wyrzucenia. W 1748 jak wspomniano sprzedano jakiś stary ołtarz do Neu Brandenburg.

Nastały więc ciężkie lata dla św. Jakuba, nowych fundacji było niewiele i powstawały z dużym trudem. Dopiero r. 1750 rozpoczyna okres nasilonych fundacji nagrobków. W tym właśnie roku zaczęto wznosić grobowiec rodziny Zastrow w obejściu południowym. Budowa trwała trzy lata. W 1755 powstaje również krypta grzebalna w tymże obejściu, nader skromna, zamknięta jedynie metalowymi drzwiami.

W 1760 - za ołtarzem, między filarami - wzniesiono nagrobek ro­dziny Masche. Nie znamy dokładnej daty powstania grobowca rodziny Simon - prawdopodobnie miało to miejsce około 1750 r. W 1761 r. powstają dalsze bliżej nieokreślone dwie kaplice grzebalne.

W 1751 niejaki Klamm ufundował ławki do nawy głównej, które w 1774 były już silnie zniszczone, tak, że wznoszono je w tym samym miejscu na nowo — chyba nadal sumptem rodziny owego Klanma.

W 1778 r. pojawia się wzmianka o fundacji empory po południowej stronie prezbiterium, ponad stallami, nakładem Wittola.

W roku następnym powstaje ostatni bogaty nagrobek - rodziny Nonnemanów. Wzniesiony jeszcze w tym samym roku nagrobek cechu szewców, adwokata Beyera /178O/, czy Matthiasa /1791/, są już bardzo skromne i stanowią tylko architektonicznie rozwiązane wejście do krypty /w formie portalu czy frontonu. Jeszcze w r. 1787 Gottlieb Ludecke funduje nowe ławy w obu bocznych nawach, po czym aż do 1822 r. głucho o jakich­kolwiek zmianach w kościele. Można się domyślać, iż wprowadzono w r. 1811 zarządzenie o ujednoliceniu szat i naczyń, liturgicznych w kościołach protestanckich, mogło spowodować sprzedaż po­siadanych dotąd aparatów kościelnych1. Nie śpieszono się jednak chyba z pozbywaniem się naczyń liturgicznych, gdyż dopiero we wspomnianym 1822 r., zamówiono u szczecińskiego złotnika Karola Alberta Friedricha srebrny kielich, roku następnym - dzban do wina, a w 1830 - tacę i dzban do chrztu oraz rodzaj czary na komunikanty. W międzyczasie - z nieznanych przyczyn, w 1826 r., dokonano istotnej zmiany w ołtarzu, usuwając scenę główną /być może Ukrzyżowanie/ wykonaną w rzeźbie i zastępując ją obrazem /Zdję­cie z krzyża/ namalowanym przez Langericha. W nieokreślo­nym czasie, może wkrótce po pożarze kościoła św.Mikołaja /1811/ - umieszczono na narożach stall kupców rybnych cztery kinkiety mosiężne - jedyny ocalały fragment wyposażenia wspomnianego kościoła. Starą kaplicę chrzcielną, mieszczącą przez pe­wien czas bibliotekę kościelną, przekształcono na rodzaj sali muzealnej, gdzie zawieszono rozmaite pamiątki z czasu wojen napoleońskich.

Około 1830 r. przemalowano, jak się zdaje, całe wnętrze kościo­ła na jednolity, szarawy kolor, zamalowując barokową polichro­mię, która pochodziła chyba z końca XVII w. i której niewielki fragment pozostawiono ponad organami. Wygląd wnętrza kościoła z około połowy XIX w. znany jest dzięki rycinie E.Saanea. Wnętrze sprawiało wówczas wrażenie dość surowe i mimo bogatych nagrobków i empor było nieco puste. Niewątpliwie miał tu swój udział wspomniany brak polichromii. W środku kościoła, przed prezbiterium - jak widać na rycinie - stała chyba chrzcielnica, którą wzmianki archiwal­ne z 2 połowy XVIII lokują właśnie w tym miejscu.

Wydaje się, iż nie nastąpiły żadne, większe zmiany w wys­troju kościoła, aż do roku 1898.