O wystroju kościoła w okresie średniowiecza wiemy bardzo niewiele. Czy był to kościół drewniany czy murowany nie wiemy. Do pierwotnego kościoła, fundacji Beringera sprowadzono zapewne, przynajmniej na początku, tylko najniezbędniejsze sprzęty, które mogły pochodzić /zwłaszcza naczynia liturgiczne czy szaty/ z klasztoru św. Michała w Bambergu - sprawującego patronat nad parafią. Już w tym czasie mogła istnieć kaplica z ołtarzem fundowana przez Beringera gdyż tradycyjnie, pomimo licznych przekształceń wnętrza, pojawia się ona w kościelnych spisach kaplic nie tylko w późnym średniowieczu, ale nawet w wizytacji z 1596 r. /a więc w okresie, kiedy kościół był już protestancki/. Prawdopodobnie w końcu XIII w. owo stare wypo­sażenie zostało sprzedane. Lulmann podaje, iż około r. 1280 część wyposażenia trzeba było sprzedać, aby dokonać przebudowy kościoła /odpowiada to okresowi wznoszenia murowanej bazyliki/. Co jednak składało się na owo wyposażenie - pozostaje jedynie w sferze domysłów. Bliższe dane o zagospodarowaniu wnętrza - a więc o fundowaniu kaplic i ołtarzy do nich, poja­wiają się w dokumentach z końca XIII w. Najstarsza wzmianka o ołtarzu pochodzi z 1296 r. Wdowa po Wesselu Wussowie funduje 1296 roku ołtarz ku czci Najświętszej Marii Panny Królowej Niebios do kaplicy istniejącej już w 1290 r. Fundację tą, realizowaną przez Johannesa Wussowa /może syna wzmiankowanej wdowy/ potwierdza w 1304 r. biskup Heinrich, wymieniając jeszcze drugie wezwanie ołtarza: św. Jana Ewangelisty. Jak wyni­ka z późniejszych opisów, kaplica Wussowów, znajdowała się w północnej partii obejścia. Była więc chyba jedną z pierw­szych, ufundowanych jeszcze w czasie wznoszenia tej partii kościoła.

Nieco później, bo w 1319 r. pojawia się ołtarz św. Wawrzyńca ufundowany przez Bractwo Tragarzy o tej samej nazwie, określany w aktach z r. 1474 jako stojący pod wieżą dzwonów. W 1504 r. już tam go nie ma, a znajduje się chyba w nawie bocz­nej obok konfesjonału zakonników z Garz, którzy mieli w Szczecinie swój dom.

W 1515 ponownie notowany jest jako stojący pod nową wieżą przy kostnicy.

Musiała też istnieć, co najmniej już w 1326 r. kaplica Maryjna, z opisu której wynika, że znajdowała się w obejściu za ołtarzem. W owej kaplicy fundowali kilka wikarii przy istniejącym tu ołtarzu /wzgl. ołtarzach/ Loitzowie. Kaplica ta, jako kaplica Loitzów wzmiankowana jest jeszcze w wizytacjach kościelnych z r.1568 i 1596.

W 1364 cech tkaczy ufundował wikarię św. Teobolda przy wzniesionym już chyba wcześniej ołtarzu. W 1380 r. erygowa­no ołtarz św. Doroty i Iwona z wikarią fundacji wdowy po Tydemanie Westfalu-Adelajdy. Ona i jej syn Henning przekazali na wzniesienie ołtarza 600 Marek. W 1383 r. natomiast powstała inna prywatna fundacja - braci Rodenów i Bernarda Molnera. Był to ołtarz z wikarią św. Erazma, Fabiana i Sebastiana - pod wieżą.

W 1386 ro natomiast w kaplicy obejścia wzniesiono ołtarz z wikarią św. Tomasza, Stefana, Erazma, Katarzyny i Agnieszki - fundacji Engelberta Lemgowa i jego żony Adelajdy .

W roku 1387 następuje fundacja ołtarza św.Marka – Alberta Sundacha w kaplicy za stallami chóru, koło wyjścia do prioratu oraz ołtarza szewców umieszczonego w ambicie, być może w tym miejscu, gdzie do chwili obecnej znajduje się barokowy grobowiec tego cechu.

W 1395 bracia Wussowowie fundują wikarię przybyszów przy ołtarzu wzniesionym w tym samym roku w dawnej kaplicy tej rodziny. Kolejna fundacja ma miejsce w r. 1404. Burmistrz Wobbermyn wznosi ołtarz p.w. św. Jana Ewangelisty, przy którym wikarię fundują ławnicy, zastrzegając sobie przejęcie patrona­tu nad ołtarzem po śmierci burmistrza. Około 1405 r. powstał prawdopodobnie ołtarz św. Marii Magdaleny, przy którym w 1407 r burmistrz Johann Treptow ufundował wikarię. W 1407 ma miejs­ce ufundowanie wikarii przy ołtarzu św. Teobalda i Apolonii sumptem cechu kowali. W 1408 r. przy ołtarzu piekarzy w ka­plicy w pobliżu wyjścia do prioratu, ustanowiona została wikaria św. Filipa i Jakuba. Piekarze posiadali też kilka innych wikarii przy ołtarzu w obejściu - 1457 r. przy ołtarzu erygo­wanym przez Barbarę Simon w 1508 - w pobliżu kaplicy św. Anny. Około r. 1411 Wede Plote wzniósł ołtarz św. Krzyża i następnie ufundował przy nim wikarię. Przy tej okazji po raz pierwszy wspomina się o wyposażeniu ołtarza w naczynia liturgiczne. Być może właśnie z okresu tej fundacji pochodziły: sprzedany w 1497 r. srebrny kielich 25 łutowy, oraz należące do ołtarza ornaty i srebrny krucyfiks 8 łutowy. W 1497 r. ołtarz ten został prze­jęty przez drobnych kupców spożywczych, którzy ponownie ufundo­wali wikarię. Znajdował on się przed kaplicą radnych przy filarze /jeszcze w 1568/, później w środku kościoła w pobliżu prezbitenum.

W 1418 wzmiankowany jest ołtarz św. Tomasza, Katarzyny i Bar­bary - fundacji prawdopodobnie Heinricha Hogenholdta - stojący w małej kapliczce blisko prawej strony ołtarza głównego. Około 1421 r. powstaje jeden ołtarz /lub 3 oddzielne/ z wikariami p.w. Bożego Ciała fundacji Johana Steena, Hohenholtzorów, Loitzów i Mildentzów. Miejsce tych fundacji jest trudne do zidentyfikowania.

W 1425 powstaje ołtarz Bractwa Maryjnego Kompanii Kupców z Dragor w Skanii ”Drakerfahrerów”. Fundacje na ten ołtarz notowane są jeszcze w 1506 r. W 1568 r. bractwo to musiało zdać należące do ołtarza szaty liturgiczne, srebrny krzyż, srebrny wizerunek Madonny, 2 ampułki mszalne i inne.

To samo bractwo przejęło wcześniej drugi ołtarz fundowany przez małżonków Bergów w 1425 r. w okolicach prezbiterium.

Prawdopodobnie ok. 1427 r. wznieśli swój ołtarz czeladnicy szews­cy wraz z wikarią p.w. św. Piotra, Pawła, Teobolda, Anny i Katarzyny /wzm. jeszcze w 1568 r.

W 1434 następuje ponowna fundacja wikarii przez Pawła Beringera. Ze wzmianki o tym wydarzeniu wynika, że istniał ołtarz wzniesiony przez tę rodzinę, położony w kaplicy przy zakrystii.

W 1438 r. fundowana jest wikaria konwisarzy przy ich ołtarzu z stojącym przed kaplicą Wussowow. Jakiś ołtarz św. Michała wzmiankowany jest w roku 1453r.Być może, że istniał on już dużo wcześniej, gdyż w 1339r. Werner Wytte funduje wikarię św. Michała, Stefana, Ottona i 1000 św. wojowników przy nieznany  ołtarzu.

W 1457r. Hieronimus Geremon i jego żona Matylda zakładają za ołtarzem głównym kaplicę, o której jednak nic bliższego nie wiadomo.

W 1480 odnotowano istnienie ołtarza p.w. św. Andrzeja który „stoi przed starą wieżą”.

W 1491 r. Bractwo Kurkowe funduje ołtarz św. Marcina.

W 1493 istnieje już ołtarz św. Anny, zaś o fundacji kaplicy, poświęconej tej patronce stanu małżeńskiego, słyszymy w 1496 r.

W 1511 i 1514 wzmiankuje się dwukrotnie wikarię ufundowaną przez

Loitzów przy ołtarzu w kaplicy za prezbiterium /pierwotna kaplica Mariacka/. N nowej kaplicy Mariackiej była również jedna wikaria Loitzów. Złotnicy mieli swój ołtarz z wikarią św. Doroty, który w 1568r. stał przed kaplicą Beringerów.

Około 1510 r. wzmiankuje się ołtarz fundacji cechu powroźników Wehrmann na podstawie różnych wzmianek przez siebie odnalezionych sugeruje, iż ponadto istniały ołtarze erygowane przez nas­tępujące cechy i Bractwa: 1332 - Bractwo Żaglowników,

1425 /?/ - krawców,

1434 - rzeńników - pod wieżą,

1437 - łaziebników i bal­wierzy,

1502 - krojczych, oraz ołtarz kramarzy z nieznaną datą fundacji.

Można więc doliczyć się blisko 40 określonych do­kładnie ołtarzy, a z niezachowanej wizytacji z r. 1568 wynika. iż jeszcze w tym czasie były w kościele 52 ołtarze, umiesz­czone w 24 kaplicach oraz poza nimi, najczęściej chyba przy filarach. Oprócz wzmianek o kaplicach i ołtarzach odnajdujemy, choć stosunkowo nieliczne, wiadomości o innych partiach wypo­sażenia. I tak z opisu usytuowania ołtarzy wiemy, że istniała kazalnica ustawiona w pobliżu prezbiterium.

W 1404r. wzmiankuje się chrzcielnicę, naprzeciw której stał ołtarz św. Jana.

W 1387r. wymienia się stalle stojące w prezbiterium, a w 1503r. pojawia się wzmianka o stallach radnych znajdujących się w kaplicy Rady Miejskiej. Najprawdopodobniej te właśnie ławy naprawiali na swój koszt członkowie Kompanii Kupców z Dragor w r. 1543 i 1550. Wizytacja z 1596 r. podkreśla, iż kaplica została odnowiona.

Spotyka się również wzmianki o naczyniach liturgicznych, są one jednak bardzo nieliczne, a wobec zaginięcia akt koś­cioła - tym cenniejsze. Już w XIX w. nie udało się Wehrmannowi odszukać spisów tego rodzaju przedmiotów, jakie zgodnie z zarządzeniem z r. 1400 miały być prowadzone przy każdym ołtarzu. Na podstawie skąpych danych, Jakie udało się zebrać wspomnia­nemu badaczowi wynika, iż niemal przy każdym ołtarzu istniało po kilka kielichów, często srebrne figury, lichtarze, ampułki itp.

W 1467 r. kościół św. Jakuba otrzymał w darze cenne relikwie z Bambergu /ramię św. Henryka - cesarza i część barku jego żony - św. Kunegundy/. Przeor Theodoricus zakupił do nich relikwiarz /określany w aktach jako "monstrancja”/ w Norymberdze. Wehmann podaje, że w bliżej nieznanych okolicznoś­ciach relikwiarz ten został rozbity i w 1506 r. oddany przez przeora Simona w nieznane miejsce. Kielichy i inne naczynia mszalne wymienione były przy okazji opisu ołtarza św. Krzyża, znany także wyposażenie ołtarza, kupców z Dragor. Również przy ołtarzu w kaplicy Wussowów jeszcze w 1568 r. notowano dwa kielichy i nieokreśloną ilość szat. Po przejęciu kościoła przez protestantów, a zwłaszcza w czasie szesnastowiecznych zamieszek część wyrobów złotniczych należących do świątyni św. Jakuba mogła ulec kradzieżom lub po prostu znisz­czeniu. Wymienione w wizytacji z r. 1596 nieliczne naczynia mszalne stanowią prawdopodobnie znikomą część niezwykle bogatego niegdyś wyposażenia. Również z zamieszczonego, we wspom­nianej wizytacji opisu szat liturgicznych wynika, iż co naj­mniej jeden ornat pochodził z dawnego wyposażenia. /”Kasel gelb und blau mit einera Cruoifix" - a więc gotycki krój ornatu.

Udało się odnaleźć kilka wzmianek wskazujących na to, że w kościele w połowie XV wieku były organy umieszczone po stro­nie zachodniej kościoła, przy wieżach. Owe organy zostały zniszczone w 1469 r, w momencie zawalenia się południowej wieży. W 1505 r. są już w kościele nowe organy, na których organista zobowiązał się grać w każdy czwartek, na specjalnej mszy ku czci św. Anny. Być może, że chodzi tu o te same organy, które około połowy XVI w. stały naprzeciw kazalnicy a określo­ne zostały jako bardzo zniszczone. Zdaje się, że były to małe, przenośne organy, tzw. Portatywy. Usunięto je z kościoła w 1564 r. po wzniesieniu nowych. Oprócz organów kościół posia­dał też inne instrumenty muzyczne - mianowicie dzwony. Wydaje się prawdopodobne iż wymienione w wizytacji z 1596 r. dzwony: Wielki, Apostolika /lub średni/, Mszalny i Cymbałowy, - wiszą­ce na wieży, oraz dwa małe na sygnaturce, 1 na nowej wieży i 2 przy ołtarzach wewnątrz kościoła - były jeszcze pozostałoś­cią średniowiecznego wyposażenia. Wszystkie zostały zniszczone w 1677 r. Wspomnieć należy jeszcze o malowidłach, których resztki odnaleziono w czasie remontu kościoła około r. 1901 w połud­niowym obejściu. Stubenrauch wymienia dwie sceny, jakie udało się odczytać w kaplicy obejścia południowego. Były to: "Sen Jakuba" i chrzest jakiegoś świętego. Resztki nieokreślonych malowideł można było oglądać jeszcze w r. 1946, nie zachowały się jednak do dnia dzisiejszego.

Z powyższego, z konieczności bardzo lakonicznego opisu wnętrza, jawi się wizja kościelna niezwykle bogato wyposażo­nego, niezmiernie barwnego ołtarze - zapewne tryptyki lub poliptyki nasycone zdecydowanymi barwami i złotem/ z malowidła­mi na ścianach i witrażami w oknach - jak o tym zaświadczają wzmianki archiwalne.