Dla dziejów kościoła św. Jakuba przełomowym stał się rok 1523, kiedy to przybył do Szczecina z Wittenbergi Paulus von Rode, kaznodzieja, uczeń Lutra. Zrazu głosił swe kazania pod gołym niebem, na Łasztowni, pod naciskiem jednak coraz licz­niejszej grupy wiernych, na przełomie 1526-27 uzyskał zezwolenie na głoszenie kazań w kościele św. Jakuba w niedziele i piątki /od 6 - 8 rano/ mimo oporu przeora.

Ta koegzystencja dwóch wyznań trwała oficjalnie do 1535 r., po sejmie w Trzebiatowie zarządzono bowiem wprowadzenie wyznania laterańskiego jako wyłącznego. W praktyce duchowni ka­toliccy pozostawali przy Jakubie jeszcze dość długo /prawdo­podobnie dożywotnie/, wzmianki o nich pojawiają się w 1539r. a nawet jeszcze w 1568r. wikariusz Jahim odnotowany jest jako związany z ołtarzem Wussowów w ich kaplicy.

Stosunki między katolikami a zwolennikami Lutra układały się na ogół dość dobrze, z wyjątkiem okresu na przełomie 1525 i 26 r. kiedy to pojawił się w Szczecinie wichrzycielski kaznodzieja Amandus, podburzający do zbrojnych wystąpień przeciwko katolikom oraz księciu. Jakoż na pasterce 1525 r. pobito księży i wszczęto tumult w kościele. Potem jednak zarówno koegzystencja jak i przyjęcie kościoła przez luteranów przebie­gało nadzwyczaj spokojnie.

Po przeprowadzeniu wizytacji w 1535, kościół św. Jakuba stał się oficjalnie świątynią luterańską, z pastorem, trzema kapelanami, organistą i kościelnym. W tym również roku zerwano związek z klasztorem w Bambergu, chociaż pozostawiono dożywot­nio przeora /zmarł prawdopodobnie w 1539 r. Uprawnienia prioratu przejął obecnie książę. Widomym znakiem owej opieki książęcej nad Jakubem byłe ufundowanie /być może tylko częściowo organy w kościele w latach 1564-66r. Wzniesiono je "ku czci Barnima” - jak to formułuje kazanie Schultetusa z r. 1628. Nowe organy umieszczono pod wieżą. Wydaje się, iż były one jedyną znaczniejszą fundacją do r.1568, brak jest zupełnie danych na temat wzniesienia np. nowej ambony - podstawowego sprzętu w protestanckiej świątyni, czy nowego ołtarza, względnie chrzcielnicy. Po śmierci pierwszego bardzo tolerancyjnego pastora, Paulusa v. Rode /1563/ - doszło do zatargów o prawa patronalne nad Jakubem między księciem a Radą Miejską. Rozstrzygnięto je ostatecznie w 1612 r. na korzyść Rady. Ta okoliczność, jak też liczne rozruchy w końcu XVI w.

/1589, 1590, 1597/ potwierdzają przypuszczenie, iż raczej wyposażenie Jakuba mogło ucierpieć niż wzbogacić się o nowe fundacje. Wizytacja z 1568 r. /niezachowana/ znana częściowo dzię­ki publikacji Wehrmanna - rysuje dość dokładny obraz ówczesnego wnętrza, które wydaje się być niezmienione od czasu ostatnich fundacji z początku XVI w /z wyjątkiem organów/.

Mimo likwidacji rozmaitych bractw religijnych nadal istniały w kościele ich ołtarze, wręcz mówi się jeszcze o wikariach tych bractw, a wydaje się, że dopiero rok 1596 jest ostatecznym momen­tem likwidacji owych wikarii /chociaż jeszcze w tym roku wzmian­kowana jest wikaria Bractwa św. Wawrzyńca.

Na podstawie fragmentarycznych danych zebranych przez Wehrmanna zestawić można następujący wykaz kaplic i ołtarzy notowa­nych w 1568 r.: kaplica Wussowów /przekształcona ok. 1596 na miejsce grzebalne/; kaplica Maryjna z ołtarzami, w której w 1596 wymienia się już tylko 4 miejsca grzebalne, nowa kąplica Rady /dawna tkaczy/, stara kaplica Rady, kaplica z ołtarzem św. Marka, kaplica szewców z jednym ołtarzem, wikaria kowali przy ich ołtarzu, ołtarz św. Krzyża przed kaplicą Rady, 2 kaplice Hohenholtzerów, Loitzów i Mildentzów, wikaria czeladników szewskich przy ich ołtarzu, kaplica balwierzy /istnieje do 1596/, ołtarz konwisarzy, ołtarz sprzedawców, ołtarz fundacji Loitzów - przy nim 3 kielichy, ołtarz złotników przed kaplicą Beringera /w 1573 już nie istnieje/. Jest to jedynie drobny fragment po­siadanego wówczas przez kościół wyposażenia /spośród wzmianko­wanych w poprzednim rozdziale 52 ołtarzy i 24 kaplic/. 0 ile więc do 1568 r. możemy mówić o niemal pełnym średniowiecznym wyposażeniu /z wyjątkiem naczyń i szat/ i o dokonywaniu jego konserwacji /wspomniano uprzednio naprawy ław przez kupców z Dragor w 1. 1543, 1550/ - o tyle wizytacja z r. 1596 wskazuje na dość znaczne zmiany w tym zakresie. Również Schulz podaje, że kaplice międzyszkarpowe w obejściu, w których były ołtarze za­częto sprzedawać w 1. 1570-77 na krypty grzebalne, a nieco póź­niej, bo od 1595 - rozpoczęto sprzedaż kaplic międzyfilarowych w obejściu. Liczba kaplic maleje, jest ich w 1596 r. - 19. Są to obecnie: Wussowów, Loitzów i Mildenitzów, Joachima Pargowa, Krawców, Kacpra Bolzena, Hansa Schwallenberga /wykupiona w 1581/, Walentego Helffernichta, Pawła Troijena i Wawrzyńca Troijena, Szewców, Pawła Egera, Tymoteusza Berschera, Jakuba Hohenholdta, Ambrożego Hademera, Jurgena Eichstedta, nowa ka­plica Rady /dawniej tkaczy/, stara kaplica Rady, Beringera, Narcena Bartolomeusa. Brak jest jakichkolwiek wzmianek o ołtarzach w kaplicach, co mogłoby sugerować, iż stare ołtarze już w tym czasie zostały usunięte. Był to raczej jednak wybieg dyplomatyczny w stosunku do władz zwierzchnich, gdyż jeszcze w 1628 a nawet później notowane są w kościele liczne ołtarze. Oficjalnie w wizytacji z 1596 r. wymienia się jedynie 2 ołtarze /duży i mały/ stojące w prezbiterium, wspomina się również, że chrzcielnica stoi w kaplicy Beringera. W kościele przechowywano w tym czasie zaledwie dwa kielichy /jeden z pateną/ i dzban do wina - zamknięty w pulpicie. Resztę naczyń kościelnych tj. dalsze dwa kielichy i patenę przechowywali duchowni: kapelan dr Tylman Marquardt i D. Walter. Przy czym zaznaczono w wizytacji, że w czasie klęski /rozruchów/ - kielich z pateną był u pastora dr Cogelera /następcy Rodego/. W kościele, we wspomnianym pulpiście zamykano również dwie foremki do hostii, przyrząd do wycinania opłatków i mosiężny kubek do zbierania ofiar.

Szat liturgicznych wymieniono 9 /w tym orantów z całym kompletem - 2/. Również 9 było w tym czasie dzwonów /wzmiankowa­nych w poprzednim rozdziale/. Parafia posiadała również sporo ksiąg, które skrupulatnie odnotowuje omawiana wizytacja.

Podsumowując zatem, stwierdzić można, iż co najmniej do 1568 r. trwa pełna koegzystencja najpierw dwóch wyznań, potem dawnego wystroju i sprzętów z nową religią i jej potrzebami. Dopiero około r. 1596 wydaje się usztywniać jakby stanowisko nowego duchowieństwa i wolno acz systematycznie przystępuje się do zmiany wystroju. Jest wielce prawdopodobne, iż w końcu XVI w. mogła powstać nowa ambona, która później została sprzeda­na do Krzekowa /szerzej - w rozdziale o wystroju barokowym kościoła/.