Rozpoczęte przy końcu XVI w. przezmiany we wnętrzu kościoła nasilają się w pierwszej połowie XVII w., pomimo zasadniczo niesprzyjających warunków /zamieszki w 1616 r. , wojna 30-letnia/. W 1612 kościół uwalnia się spod kurateli księcia a przechodzi pod nadzór Rady Miejskiej, dla której najprawdopodobniej już od dawna "solą w oku" był stary, katolicki wystrój na dodatek zapewne już silnie zniszczony. W 1617 r. obchodzono uroczyście 100-lecie reformacji, co mogło dać asumpt do upiększenia kościoła w nowym duchu. Bezpośrednim impulsem jednak okazało się otwarcie testamentu niejakiego Podelsa w r. 1624, sporządzonego 8 lat wcześniej na rzecz kościoła.

Zawierał on spory legat przeznaczony na wzniesienie nowych or­ganów w kościele. Domyślać się można, iż organy z 1564 r. , mimo napraw i uzupełnień w r. 1582, były już w złym stanie, bądź nie odpowiadały ówczesnym za potrzebowaniom. Trzeba, bowiem, pamiętać, że muzyka i śpiew odgrywały w kościele luterańskim bardzo ważną rolę, niemal równą głoszeniu "słowa".

I tak w 1626 rozpoczęto budowę nowych organów umieszczonych pod wieżą, które uruchomiono w październiku 1628 r., w tym samym roku miała też miejsce jakaś przebudo­wa w kościele, o której wspomina Heyden, nie podając jednak, bliższych szczegółów. Blisko cztery lata później nastąpiły istotne zmiany w wystroju. Mianowicie wzniesiono nowy chór ponad siedziskami Rady. Chodzi chyba o rozpoczęcie wznoszenia empor typowych dla wnętrz protestanckich kościołów. Empora ta mieściła się zapewne nad dawną kaplicą Rady, w której już wizy­tacja z r. 15961 odnotowuje istnienie siedzisk /stall/. Waż­niejszy jeszcze od wprowadzenia empor jest fakt rozpoczęcia "powolnego" /jak pisze Heyden/ usuwania jaskrawych ołtarzy bocz­nych z nisz kaplicznych, co w rezultacie dało szerokie wnętrze odpowiadające gustom protestanckim.

Proces ten, jak się wydaje, był rzeczywiście powolny, bowiem jeszcze około 1636 r., jak stwierdza na podstawie swych badań H.Lemcke, wnętrze Jakuba nosiło nadal znamię bogactwa katolickiego wystroju, było bardzo okazałe i ozdobne. Jest wobec tego wątpliwe by równocześnie w 1628 r. powstała nowa kazalnica, stalle radnych /?/, ołtarz, chrzcielnica, zegar i mały chór organowy - jak to sugeruje Lemcke. Z badań Heydena wynika że ten sam warsztat Ludemanna, który wzniósł organy naprawił również zniszczoną nieco kazalnicę i chrzcielnicę w partii oz­dób /a więc zapewne uzupełniano elementy snycerki/, Wydaje się zatem, że kazalnica powstała znacznie wcześniej, być może w sugerowanym już uprzednio - końcu XVI w., kiedy to rozpoczęto wymianę wyposażenia. Jako sprzęt najbardziej konieczny musiał być fundowany w pierwszej kolejności, z tego też okresu mogła pochodzić również chrzcielnica. Co do ołtarza - nie ma żadnej pewności, czy wzniesiono go ok. 1628 r. na nowo, czy może raczej tylko nieco przerobiono dostosowując do nowych potrzeb i gustów, co spotyka się niemal nagminnie na terenach Pomorza i ziem są­siednich. Niewątpliwie jednak w pierwszej połowie XVII w. wzras­ta ilość fundacji, o czym świadczy choćby spis naczyń liturgicznych /inwentarz z 1699 r./, które ocalały z pożaru w 1677 r. I tak w 1615 r. niejaki Manudinus funduje srebrną puszkę na komu­nikanty /zachowaną do dziś w zbiorach MN w Szczecinie nr inw. Rz/3305/. Wykonał ją nieznany złotnik szczeciński.

Również sprzed pożaru w 1677 i*, pochodziły wymienione w 1699 r.kielich z pateną fundacji Elżbiety Friedrich z 1644 r. oraz puszka na komunikanty z inicjałami AMS i datą 1650. Również cechy i poszczególni bogatsi rzemieślnicy czynią liczne fundacje na rzecz kościoła, m. in. wieszając okazałe, wieloramienne świecz­niki korpusowe, do których zobowiązano się sprawiać świece i utrzymywać je w czystości. Niektóre z tych świeczników również prze­trwały pożar i wymienione są we wspomnianym inwentarzu, jak i  opracowaniach Stubernraucha i Schulza.

Było to: najstarszy, 16-wieczny świecznik ufundowany przez Blieseeisena i Brummera z 1609; z 1631 pochodził świecznik z fuidacji Małgorzaty Milles /przelany ze starszego z r. 1608. W 1640 r. zakupiony został świecznik przez cech kowali /z fi­gurą Dawida, 16-ramienny - wisiał w północnej nawie do ostat­niej wojny/ wreszcie z ok. połowy XVII w. pochodził świecznik fundacji Hansa Giesena /w 1699 r. - wisiał przed ołtarzem/.

W 1625 r. pastor Laurencjusz Langhovel ufundował ozdobne siedzisko. Wznoszono też liczne epitafia. Lemcke wymienia epi­tafium rodziny Britzke z białego marmuru /może alabastru/, oraz rodziny Eichstedt. W pobliżu kazalnicy zawieszono obraz przedstawiający “Nawrócenie św. Pawła”. Ufundowała go Rada Miejska ku upamiętnieniu pochowanego pod amboną kaznodziei Paulusa von Rode.

Być może już w tym czasie zapoczątkowano tworze­nie galerii portretów pastorów; św. Jakuba, co kontynuowano w XVIII w. Ambona, pod którą miał swój grobowiec pastor Rode, przetrwała chyba pożar w 1677 i została w 1717 sprzedana parafianom z Krzekowa. Wydaje się, że wystrój omawianego  okresu odznaczał się dużą różnorodnością, gdyż, jak można są­dzić - pozostało w nim jeszcze sporo elementów dawnego wypo­sażenia, a jednocześnie pojawiły się nowe organy, empory nadały inny kształt wnętrzu, epitafia i obrazy ubarwiły i ożywiły ściany i filary. Wieloramienne świecznik z dużą ilość świec rozjaśniły wnętrze.

Ten bogaty wystrój uległ niemal całkowitemu zniszczeniu w 1677r. w czasie oblężenia Szczecina przez Wojska brandenburskie /ocalały nieliczne świeczniki, naczynia liturgiczne, ambona, płyta nagrobna z 1570 r., być może część stali - które były później w kaplicy ławników i jakiś ołtarz /może tryptyk/ notowany w kościele jeszcze w 1748 r.