Bardzo trudno Jest odtworzyć wojenne losy kościoła a równie niejasno rysują się pierwsze lata powojenne, kiedy to można Jeszcze było odszukać resztki wyposażenia. Wiadomo, że latem 1944 r /lipiec/, kiedy rozpoczęły się naloty Aliantów na Szczecin - niemieckie duchowieństwo Jakuba i ówczesne władze konserwatorskie próbowały ocalić jak najwięcej z wyposażenia kościoła. I tak najprawdopodobniej rozebrano i wywieziono w głąb Niemiec ołtarz i organy.

Natomiast ambonę, stalle radnych, stalle kupieckie, oraz praw­dopodobnie większość empor ukryto w skrzydle północnym zamku, w pomieszczeniach parteru. Dekoracje nagrobków, po rozmontowaniu, schowano w kościele do znajdujących się pod nimi krypt. Wielki dzwon Kockeritza zamurowano w kruchcie północnej. Być może, że również w kryptach schowano świeczniki korpusowe. W sierpniu i wrześniu nastąpiły dywanowe naloty na port, które zniszczyły kościół pozostawiając fragmenty murów obwodowych, część filarów w prezbiterium, dolne partie wieży, niektóre kaplice. Część ukrytego w Jakubie wyposażenia również uległa zniszczeniu. Taki sam los spotkał te zabytki, które przechowywa­no na zamku. Zawalenie się sklepienia spowodowało zniszczenie większej części najcenniejszych obiektów jak ambona czy stalle kupców. Z akt WKZ wynika, iż w sierpniu 1946r. przeprowadzono poszukiwania w gruzach kościoła i wydobyto rzeźby i żyrandole /świeczniki korpusowe/, które przekazano do składnicy Referatu Muzeów i Ochrony Zabytków przy Placu Teatralnym we wrześniu tegoż roku rozebrano obmurowanie Wielkiego Dzwonu. W listopadzie dr Kusztelski, donosi, iż na ścianie jednego z przęseł nawy odnalazł partię starych malowideł.

W tym samym roku sporządzono spis przedmiotów ze św. Jakuba, jakie znajdowały się w składnicy muzealnej. Było tam m in. 17 rzeźb, 6 żyrandoli /jeden z datą 1603 /?/, obraz olejny na desce określony jako XV-wieczny, zamki i okucia do drzwi datowane na XVIII w. Większość rzeźb, jak sądzić można z lako­nicznego opisu, pochodziła z nagrobków, a jedynie dwie: św. Marek i św. Paweł być może były dekoracjami ambony /o ile nie zostały mylnie określone/. Wymienione obiekty, z wyjątkiem żyrandoli, około roku 1952 trafiły do zbiorów Muzeum, gdzie przebywały do 1984 r. Obecnie, jako depozyt, przekazane zostały administracji kościoła, z przeznaczeniem do wyeksponowania w tworzącym się Muzeum Diecezjalnym na poddaszu Katedry.

Nieco inne były dzieje grupy zabytków, która uległa znisz­czeniu podczas bombardowania zamku. Spod gruzów udało się wyciągnąć resztki ambony i empor oraz fragment stall kupców rybnych /płycina z Madonną/ a także szczątki zapiecków, stall radnych.

Ocalałe fragmenty został oddane do konserwacji do Warszawy około roku 1952 przez ówczesnego konserwatora Henryka Dziurlę.

Fakt, iż z ogromnej liczby czekających na konserwację dzieł sztuki wybrano najpierw te, świadczy o docenianiu wartości artystycznej wyposażenia kościoła a także o nadziei na możliwość eksponowania we właściwym mu miejscu. Nie udało się odnaleźć wśród korespondencji z tamtych lat żadnego spisu objętych kon­serwacją zabytków. Zachował się jedynie telegram z 8-X-1952 r. w którym przedstawiciel PKZ-ów warszawskich zapowiada swój przyjazd celem odbioru ambony do konserwacji. Wiadomo ze zdjęć archiwalnych, że musiały trafić do warszawskich pracowni również fragmenty stall radnych, oraz chyba elementy obudowy filaru przy stallach kupieckich. Wszystkie te obiekty powróciły z konserwacji około 1957-58 roku i zostały złożone tymczasowo na zamku. Warunki w jakich je przechowywano, były zupełnie nieodpowiednie dla obiektów po konserwacji. Tym bardziej, że na zamku prowadzono prace budowlane, co powodowało kilkakrotne przerzucanie złożonych obiektów do rozmaitych przypadkowych pomieszczeń przez pracujące tu ekipy. I tak np. przez pewien czas wspomniane zabytki złożono w krypcie, w której eks­ponowano sarkofagi, następnie przerzucono je do fragmentów prowizorycznie zabezpieczonego skrzydła menniczego. Tutaj nas­tąpiła katastrofa, gdyż resztki źle zabezpieczonych ścian zawa­liły się grzebiąc pod gruzami, ocalałe już raz z podobnego pogromu­, zabytki. Te elementy, które nie uległy zniszczeniu zosta­ły rozkradzione niemal doszczętnie, zanim zadziałały opieszałe służby konserwatorskie. Wakat stanowiska konserwatora w tym czasie walnie przyczynił się do owego unicestwienia zabytków. Niewielkie szczątki ambony i stall radnych zebrano i złożono w składnicy muzealnej, skąd przekazano je administracji odbudowującego się kościoła w latach 70-tych. Z dawnej ambony pozostały właściwie tylko dwie rzeźby: figura św. Jakuba stanowiąca niegdyś podporę kazalnicy i figura anioła – pochodząca ze zwieńczenia baldachimu.

Stanowią one obecnie część wyposażenia kościoła. św. Jakub służył przez pewien czas jako zwieńczenie tryptyku imitującego ołtarz główny, będącego zaś kompilacją gotyku - baroku i współczesności. Zaś anioł z dodanymi współcześnie atrybutami znajduje się w kaplicy za ołtarzem, umocowany na konsoli między oknami. Brak jest zupełnie choćby drobnych fragmen­tów przepięknej niegdyś snycerki czaszy i baldachimu ambony.

Zdobią one zapewne niejedno szczecińskie mieszkanie. Wśród przekazanych z muzeum do kościoła rzeźb znajdują się 4 figury apostołów, które określano jako pochodzące z ambony.

Zgodnie z adnotacją na kartach inwentarzowych tych zabytków - były one w zbiorach dawnego Landesmuseum od około 1928 r. Nie mogą więc być rzeźbami z tej ambony, którą rozmontowano do­piero w 1944 r. Potwierdza to również; analiza formy - zachowane rzeźby stylistycznie należą do znacznie wcześniejszego okresu niż rzeźby ambony z 1693 r. Jest wielce prawdopodobne, że po­chodzą one rzeczywiście z ambony ze św.Jakuba, ale tej, która w XVIII w. została sprzedana do Krzekowa. Przekazanie rzeźb

z tej ambony do muzeum mogło nastąpić w wyniku badań archiwal­nych przeprowadzonych przez Lemckego w latach 80-tych XIX w. ewentualnie poszukiwań pastorów Scipio czy Lulmanna również do­tyczących wyposażenia Jakuba, prowadzonych około 1900 r.

Oprócz wspomnianych rzeźb, Landesmuseum posiadało przed wojną inne jeszcze elementy wyposażenia Jakuba a mianowicie fragmenty trumien zdobionych ukuciami z cyny, wydobytych z grobowca Simonów przy końcu XIX w. Do chwili obecnej zachowało się wieko trumny z datą 1701 oraz drugie - z krucyfiksem, identyczne do widocznego na zdjęciu dokumentującym otwarcie grobowca. Poza tym są cynowe szyldy z inskrypcjami, pozwalającymi na ustalenie, że pochodzą z trumny Konkordii Zofii Simon. Być może wśród 18 fragmentów innych cynowych dekoracji trumien i sarkofagów w tymże muzeum, znajdują się dalsze pochodzące z krypty Simonów lub Wulffenów, niestety brak materiału porów­nawczego uniemożliwia ich rozpoznanie. Cenne płyty nagrobne /wg H.Lemckego - 2 z około 1370 r., a wg Z .Radeckiego  - również trzecia - Henninga v. Rehberg z tego samego okresu /uległy całkowitemu zniszczeniu w czasie odbudowy kościoła w latach 70-tych.